In 1960 begonnen een aantal leden van de Baptistengemeente uit Stavoren met huis-samenkomsten in Lemmer. In 1963 werd een klein gebouwtje aangekocht en in de loop van de jaren nam het aantal bezoekers toe. In juni 1967 vond de eerste doopdienst plaats en in november 1968 werd broeder Hessels als fulltime voorganger bevestigd, beroepen door de toen 18 leden tellende gemeente. Elke maand wordt een evangelisatiedienst gehouden en ook de omliggende dorpen worden bereikt met tentevangelisatie. In de zomermaanden zijn er openluchtsamenkomsten in Lemmer. Verschillende jongeren gingen studeren aan bijbelscholen in België en Nederland, iets wat tot het eind van de eeuw navolging vond.
In juni 1979 volgde Orlando Bottenbley broeder Hessels op. Onder zijn leiding werden diverse activiteiten opgestart, waarvan sommige nog steeds bestaan, zoals de Zendingscommissie, het zangkoor, kinderwerk, Zusterhulp en geluidsopname van de woordverkondiging. De gemeente bleef groeien, waardoor de bouw van een nieuwe kerk noodzakelijk werd. Een architect uit de gemeente maakte het ontwerp en vrijwel het hele gebouw werd door vrijwilligers uit de gemeente uitgevoerd. In juni 1982 werd de eerste steen gelegd en op 31 oktober van dat jaar werd de kerk met 250 zitplaatsen geopend. Vier jaar later was uitbreiding van zalen al nodig, omdat het aantal leden bleef stijgen. Ook buiten het kerkgebouw bleef veel activiteit plaatsvinden: bidstonden in omliggende dorpen, deur-aan-deur werk in Lemmer en openluchtevangelisatie.
In 1983 zijn de eerste huiskringen gestart: samenkomen in kleine groepen op verschillende locaties, een activiteit die nog steeds bestaat. Daarnaast vonden er veel evenementen plaats, zoals gospelconcerten (o.a. Adrian Snell, Silverwind, Don Francisco, Continental Singers), Pinksterappèl, Paasappèl en evangelisatiediensten met o.a. Gert en Hermien Timmerman en Burning Candles. Nieuwe gemeenten ontstonden in Sneek, Franeker en later ook in Heerenveen.
In oktober 1988 vertrok Orlando Bottenbley naar Drachten en werd hij opgevolgd door Michael Gorsira. Tijdens zijn periode werden verschillende hulpacties opgezet voor christenen in Oost-Europa, die daar nog steeds te maken hadden met vervolging en armoede. In 1993 kon het 25-jarig jubileum van de gemeente worden gevierd. Regelmatig waren stagiaires aanwezig om het gemeentewerk te ervaren.
In oktober 1996 werd Nico Catsburg voorganger. Zoals in voorgaande tijden bleven verschillende gemeenteactiviteiten doorgaan, sommige verdwenen en er kwamen nieuwe bij, zoals gebedssamenkomsten en huiskringen.
In oktober 2003 werd Johan Gankema ingezegend als voorganger. Samen met veel gemeenteleden volgden we de cursus 40 Doelgerichte Dagen. Ook werd een nieuwe huisstijl geïntroduceerd en het Gemeentebericht werd NOVA. In die tijd werd in Lemmer ook een AZC geopend en asielzoekers werden ondersteund via vertaalwerk, bezoek en Bijbelstudie. Later werd deze locatie verplaatst naar Balk.
In 2009 werd Siebolt van der Brug aangesteld als kerkelijk werker, naast zijn baan in het onderwijs. In 2013 werden twee nieuwe activiteiten geïntroduceerd, laagdrempelig en met een Fries accent: de Fjoerfretters en de Flinke Froulju, waarvan de laatste de meeste navolging kreeg en nog steeds actief is.
In augustus 2015 stopte Siebolt van der Brug als kerkelijk werker, waarna de gemeente opnieuw op zoek ging naar een voorganger.
Van 1 augustus 2017 tot en met 31 augustus 2025 was Gerard Grit voorganger. Tijdens zijn periode werd in 2018 het 50-jarig jubileum gevierd en werd een groepsfoto gemaakt van alle voorgangers en kerkelijk werkers vanaf het begin van de gemeente – een echte jubileumfoto. Tijdens de coronaperiode zijn online diensten via YouTube gestart, werd de Scipio-app in gebruik genomen en nam de Gemeentemail de plaats in van de NOVA.
Momenteel is de functie van voorganger vacant. Elke zondag is er een gastspreker, en de gemeente is bijzonder gezegend met een veelheid aan gastsprekers die meestal een rijke en brede invulling geven aan het onderwijs.
Ynze de Boer heeft een boek geschreven over de geschiedenis van de gemeente in tekst en beeld, getiteld: “…maar we zijn op de knieën begonnen. Een relaas van bijna 40 jaar Baptistengemeente Lemmer.” Je kunt dit boek hier online lezen.
